Siedziba Kopernika powstaje w centrum Warszawy, nad samą Wisłą. Zostanie wybudowana nad tunelem Wisłostrady u zbiegu Wybrzeża Kościuszkowskiego i ul. Zajęczej. Autorami projektu są młodzi polscy architekci z pracowni RAr-2 Laboratorium Architektury Gilner + Kubec z Rudy Śląskiej. Wygrali oni konkurs na projekt siedziby Centrum Nauki Kopernik, rozstrzygnięty w grudniu 2005 roku. Wśród wielu pozytywnych opinii o ich pracy znalazła się i taka, że budynek świetnie wpisuje się w otaczający krajobraz, wydobywa i podkreśla charakter nadwiślańskich bulwarów, jest ważnym głosem w rozwoju współczesnej architektury.

Na kompleks Centrum złożą się:

• dwukondygnacyjny budynek o powierzchni 15 tys. m², który pomieści wystawy stałe i czasowe, laboratoria i pracownie, centrum konferencyjne, kawiarnie i restauracje, a także część biurową
• parking oraz warsztat w kondygnacji podziemnej
• multimedialne planetarium, usytuowane w bryle przypominającej wyglądem głaz narzutowy – znajdzie się tu też platforma widokowa
• otaczający Centrum Park Odkrywców,  w nim urządzenia do przeprowadzania eksperymentów pod gołym niebem, zewnętrzna galeria sztuki, amfiteatr.

Do współpracy nad projektem siedziby Centrum Nauki Kopernik zostali zaproszeni artyści, specjaliści od nowych technologii budowlanych, m.in. od konstrukcji ścian z gliny, projektanci zielonych fasad i ogrodów dachowych, geolodzy, architekci krajobrazu, specjaliści od naturalnej wentylacji.